L'évaluation de l'efficacité des aires protégées en France est un enjeu majeur, surtout depuis que le pays a atteint 33,5 % de son territoire protégé en 2025. Cependant, la simple création de ces zones ne garantit pas des effets bénéfiques sur la biodiversité. Les défis méthodologiques incluent la nécessité de s'assurer que les observations sont directement liées à la création des aires protégées, tout en tenant compte de l'absence de données historiques. L'approche BACI (Before After Control Impact) est souvent utilisée pour suivre l'évolution des sites protégés par rapport à des sites témoins, mais elle est limitée par le manque de données précises. Malgré ces défis, des études montrent que certaines aires, comme celles du réseau Natura 2000, ont un impact positif sur des populations d'oiseaux dans les milieux agricoles. Pour une évaluation complète, il est nécessaire de croiser différentes méthodes et sources de données, afin de mieux comprendre l'effet des aires protégées sur la biodiversité.