Das Hantavirus in Deutschland zeigt ein unregelmäßiges Auftreten, mit bis zu 3000 gemeldeten Infektionen in bestimmten Jahren, während in anderen nur einige Hundert Fälle registriert werden. Besonders betroffen sind Regionen in Süd- und Westdeutschland, wie die Schwäbische Alb und der Bayerische Wald. Der Hauptüberträger des Puumala-Virus, das für die meisten Hantavirus-Erkrankungen verantwortlich ist, ist die Rödelmaus. Diese Mäuse scheiden das Virus über Urin, Kot und Speichel aus, ohne selbst zu erkranken, was die Verbreitung des Virus in ihrer Umgebung ermöglicht. Die Schwankungen der Infektionszahlen sind eng mit den Mastjahren der Bäume verbunden, in denen Buchen und Eichen besonders viele Früchte tragen. Diese Jahre führen zu einer erhöhten Nahrungsverfügbarkeit, besseren Überlebenschancen und einer massiven Vermehrung der Mäuse, was zu einer Zunahme der Virusinfektionen beim Menschen führt. Im Jahr 2023 wurden in 28 EU- und EWR-Staaten insgesamt 1885 Hantavirus-Fälle gemeldet, wobei Deutschland und Finnland über 60 Prozent aller Fälle ausmachten. Im Gegensatz dazu ist das Andesvirus aus Südamerika, das auch auf einem Kreuzfahrtschiff entdeckt wurde, deutlich gefährlicher und kann von Mensch zu Mensch übertragen werden, spielt jedoch in Deutschland keine wesentliche Rolle.